Sau năm 1975, Thốt Nốt là huyện của tỉnh Hậu Giang. Ngày 16-09-1989, huyện được xác định các đơn vị hành chính trực thuộc, bao gồm thị trấn Thốt Nốt và 12 xã: Thạnh Thắng, Thạnh An, Thạnh Quới, Thạnh Lộc, Vĩnh Trinh, Thới Thuận, Tân Lộc, Trung Hưng, Trung An, Trung Nhứt, Thạnh Phú, Thuận Hưng.

Ngày 26-12-1991, Quốc hội Việt Nam ban hành Nghị quyết chia tỉnh Hậu Giang thành tỉnh Cần Thơ và tỉnh Sóc Trăng. Huyện Thốt Nốt thuộc tỉnh Cần Thơ.

Ngày 24-08-1999, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 80/1999/NĐ-CP, về việc thành lập xã thuộc các huyện Thốt Nốt và Phụng Hiệp, tỉnh Cần Thơ. Theo đó, thành lập xã Trung Kiên thuộc huyện Thốt Nốt trên cơ sở 1.348,94 ha diện tích tự nhiên và 23.979 nhân khẩu của xã Trung Nhứt, 115 ha diện tích tự nhiên, 1.942 nhân khẩu của xã Thuận Hưng.

Ngày 04-08-2000, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 28/2000/NĐ-CP, về việc thành lập thị trấn thuộc các huyện Thốt Nốt, Ô Môn và Phụng Hiệp, tỉnh Cần Thơ. Theo đó, thành lập thị trấn Thanh An thuộc huyện Thốt Nốt trên cơ sở 185,51 ha diện tích tự nhiên và 3.000 nhân khẩu của xã Thạnh Thắng. 1.595,1 ha diện tích tự nhiên và 9.157 nhân khẩu của xã Thạnh An.

Ngày 19-04-2002, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 47/2002/NĐ-CP, về việc thành lập xã thuộc các huyện Ô Môn, Phụng Hiệp và Thốt Nốt, tỉnh Cần Thơ. Theo đó, thành lập xã Trung Thạnh thuộc huyện Thốt Nốt trên cơ sở 2.194,8 ha diện tích tự nhiên và 15.864 nhân khẩu của xã Trung An; thành lập xã Thạnh Mỹ thuộc huyện Thốt Nốt trên cơ sở 2.481,65 ha diện tích tự nhiên và 11.448 nhân khẩu của xã Thạnh Quới.

Ngày 26-11-2003, Quốc Hội Việt Nam thông qua Nghị quyết số 22/2003/QH11, về việc chia và điều chỉnh địa giới hành chính một số tỉnh. Theo đó, chia tỉnh Cần Thơ thành thành phố Cần Thơ trực thuộc trung ương và tỉnh Hậu Giang. Huyện Thốt Nốt thuộc thành phố Cần Thơ.

Ngày 02-01-2004, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 05/2004/NĐ-CP, về việc thành lập các quận Ninh Kiều, Bình Thủy, Cái Răng, Ô Môn, các huyện Phong Điền, Cờ Đỏ, Vĩnh Thạnh, Thốt Nốt và các xã, phường, thị trấn thuộc thành phố Cần Thơ trực thuộc Trung ương. Theo đó, thành lập huyện Vĩnh Thạnh trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của thị trấn Thạnh An và các xã: Thạnh An, Thạnh Lộc, Thạnh Quới, Thạnh Mỹ, Thạnh Phú, Thạnh Thắng, Trung Hưng và 2.811,47 ha diện tích tự nhiên và 19.171 nhân khẩu của xã Vĩnh Trinh thuộc huyện Thốt Nốt. Huyện Thốt Nốt còn lại toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của thị trấn Thốt Nốt và các xã: Thuận Hưng, Trung Nhứt, Tân Lộc, Trung Kiên, Trung An, Trung Thạnh, Thới Thuận và 85,94 ha diện tích tự nhiên và 1.618 nhân khẩu còn lại của xã Vĩnh Trinh; sáp nhập 85,94 ha diện tích tự nhiên và 1.618 nhân khẩu (phần còn lại của xã Vĩnh Trinh) vào xã Thới Thuận. Sau khi điều chỉnh, huyện Thốt Nốt có 17.110,08 ha diện tích tự nhiên và 189.641 nhân khẩu; gồm 8 đơn vị hành chính trực thuộc là thị trấn Thốt Nốt và các xã Thuận Hưng, Trung Nhứt, Tân Lộc, Trung Kiên, Trung An, Trung Thạnh, Thới Thuận.

Ngày 23-12-2008, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 12/NĐ-CP, về việc điều chỉnh địa giới hành chính xã, thành lập xã thuộc huyện Thốt Nốt, huyện Vĩnh Thạnh, huyện Cờ Đỏ; thành lập quận Thốt Nốt và các phường trực thuộc; điều chỉnh địa giới hành chính huyện Cờ Đỏ để thành lập huyện Thới Lai thuộc thành phố Cần Thơ. Theo đó, địa giới hành chính huyện Thốt Nốt được điều chỉnh như sau:

- Thành lập xã Vĩnh Bình thuộc huyện Thốt Nốt trên cơ sở điều chỉnh 1.095,67 ha diện tích tự nhiên và 3.191 nhân khẩu của xã Thới Thuận; 857,84 ha diện tích tự nhiên và 4.038 nhân khẩu của xã Trung Nhứt. Điều chỉnh toàn bộ 1.953,51 ha diện tích tự nhiên và 7.229 nhân khẩu của xã Vĩnh Bình, huyện Thốt Nốt về huyện Vĩnh Thạnh quản lý.

- Điều chỉnh 201,85 ha diện tích tự nhiên và 1.047 nhân khẩu của xã Trung Hưng thuộc huyện Vĩnh Thạnh về xã Trung Thạnh thuộc huyện Thốt Nốt quản lý.

- Điều chỉnh toàn bộ 2.399,56 ha diện tích tự nhiên và 18.063 nhân khẩu của xã Trung Thạnh thuộc huyện Thốt Nốt về huyện Cờ Đỏ quản lý.

- Sau khi điều chỉnh, huyện Thốt Nốt có 11.780,74 ha diện tích tự nhiên và 160.580 nhân khẩu, có 7 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm các xã: Thới Thuận, Trung Nhứt, Trung Kiên, Thuận Hưng, Tân Hưng, Tân Lộc và thị trấn Thốt Nốt.

- Thành lập quận Thốt Nốt thuộc thành phố Cần Thơ trên cơ sở toàn bộ 11.780,74 ha diện tích tự nhiên và 160.580 nhân khẩu của huyện Thốt Nốt (bao gồm toàn bộ diện tích tự nhiên và nhân khẩu của thị trấn Thốt Nốt và các xã: Thới Thuận, Trung Nhứt, Trung Kiên, Thuận Hưng, Tân Hưng và Tân Lộc).

- Thành lập các phường thuộc quận Thốt Nốt như sau:

+ Thành lập phường Thới Thuận thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở điều chỉnh 1.026,06 ha diện tích tự nhiên và 16.296 nhân khẩu của xã Thới Thuận.
+ Thành lập phường Thuận An thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở 777,09 ha diện tích tự nhiên và 13.972 nhân khẩu còn lại của xã Thới Thuận.
+ Thành lập phường Thạnh Hoà thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở điều chỉnh 556,64 ha diện tích tự nhiên và 5.377 nhân khẩu của xã Trung Nhứt; 186 ha diện tích tự nhiên và 2.755 nhân khẩu còn lại của xã Trung An.
+ Thành lập phường Trung Nhứt thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở 1.123,30 ha diện tích tự nhiên và 12.708 nhân khẩu còn lại của xã Trung Nhứt.
+ Thành lập phường Trung Kiên thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở toàn bộ 1.416,37 ha diện tích tự nhiên và 28.105 nhân khẩu của xã Trung Kiên.
+ Thành lập phường Thuận Hưng thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở toàn bộ 1.385,39 ha diện tích tự nhiên và 18.290 nhân khẩu của xã Thuận Hưng.
+ Thành lập phường Tân Hưng thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở toàn bộ 1.466,25 ha diện tích tự nhiên và 9.216 nhân khẩu của xã Tân Hưng.
+ Thành lập phường Tân Lộc thuộc quận Thốt Nốt trên cơ sở toàn bộ 3.268,16 ha diện tích tự nhiên và 30.595 nhân khẩu của xã Tân Lộc.